La storia ha come protagonista un vecchio studioso, il dott. Johann Faust, che svolge la sua attività con Wagner, un suo discepolo.
Il demonio Mefistofele, tenta Faust, offrendogli giovinezza e sapere; Faust scommette che lui che non riuscirà a fargli vivere un momento così bello e intenso da voler fermare quell’attimo; in quel caso Faust cederà la sua anima.

Con le parole di Faust: (vv. 1699-1706)

Dovessi dire all’attimo:
« Ma rimani! Tu sei così bello! »
allora gettami in catene, allora accetterò la fine!
Allora batta a morto la campana,
allora, esaurito il tuo impegno, s’arresti l’orologio,
cada giù la lancetta,
per me finisca il tempo!

Dopo la firma della scommessa, Mefistofele conduce Faust da una Strega che gli prepara un filtro magico, grazie al quale Faust diviene giovane.

Successivamente Faust incontra e si innamora della bella popolana Margherita che riesce a conquistare; poi la induce a somministrare un sonnifero alla propria madre per potersi così incontrare con lei. Il sonnifero dato da Mefistofele, però, è un veleno che uccide la madre.

Valentino, fratello di Margherita, affronta Faust in duello, ma viene ucciso, grazie all’aiuto di Mefistofele.

Dopo queste tragedie, Margherita, disperata, affoga il bambino, avuto da Faust e per questo viene arrestata e condannata a morte.
Mefistofele per distrarre Faust lo conduce a una nuova avventura: lo introduce al Sabba sul Brocken (il concilio di streghe e potenze demoniache); durante questo Sabba appare come una visione, la figura di Margherita in carcere.

Per liberarla, Faust si fa portare in carcere da Mefistofele ma Margherita, intuendo che la sua liberazione sarebbe opera del demonio, preferisce affrontare il supplizio.

Faust, disperato, straccia la pergamena che aveva firmato con Mefistofele; questi lo fa tornare vecchio!

Faust va al patibolo di Margherita, vi sale e abbraccia Margherita, scegliendo di morire con lei.

Benchè tutto sembri congiurare alla dannazione di Faust e Margherita, l'Onnipotente riconosce il desiderio di bene e conoscenza che è stato all'origine di tanto peccare e li salva.